Шайтан Алексей Константинович

Ведущий научный сотрудник Центра биомедицинских исследований и технологий Института искусственного интеллекта и цифровых наук НИУ ВШЭ и профессор департамента больших данных и информационного поиска факультета компьютерных наук. Доктор физико-математических наук (2021, МГУ имени М. В. Ломоносова), учёное звание профессора получил в 2022 году, тогда же был избран членом-корреспондентом РАН. Кандидатскую диссертацию защитил в 2010 году. Физический факультет МГУ окончил в 2007 году по специальности «Физика конденсированного состояния вещества». В Вышке работает с февраля 2021 года, придя научным сотрудником в Международную лабораторию биоинформатики; научно-педагогический стаж — 17 лет.

Профессиональная биография связана с биологическим факультетом МГУ, где он прошёл путь от ведущего инженера (2008–2010) и научного сотрудника (2010–2012) до ведущего научного сотрудника кафедры биоинженерии (с 2012 года). В 2009–2011 годах вёл исследования в Институте полимерных наук Университета Ульма в Германии, в 2013–2017 годах работал visiting fellow в Национальном центре биотехнологической информации Национальных институтов здоровья США. В 2010 году был учёным секретарём технологической платформы «Стратегические информационные технологии».

В НИУ ВШЭ читает магистерский курс «Молекулярное моделирование» (6 кредитов, 56 контактных часов), доступный студентам всех кампусов в формате «Маго-лего», и вёл бакалаврский курс «Биоинформатика» для направления «Прикладная математика и информатика». Курс охватывает работу с PDB-структурами, структурную биоинформатику, молекулярную динамику, метод Монте-Карло, крупнозернистое моделирование, докинг и молекулярный скрининг, квантово-химические расчёты, предсказание структуры и дизайн белков, включая применение методов искусственного интеллекта. Практическая часть построена на расчётах в Gromacs и анализе молекулярно-динамических траекторий.

Научные интересы: эпигенетика, нуклеосомы и структурная биоинформатика. Исследования посвящены механике ДНК-белковых взаимодействий и динамике хроматина. В базе публикаций НИУ ВШЭ за ним закреплено около двадцати работ, в профиле ORCID — более полусотни. Среди ключевых статей: «Histone dynamics mediate DNA unwrapping and sliding in nucleosomes» (Nature Communications, 2021), «Structural interpretation of DNA-protein hydroxyl-radical footprinting experiments with high resolution using HYDROID» (Nature Protocols, 2018), «Histone Octamer Structure Is Altered Early in ISW2 ATP-Dependent Nucleosome Remodeling» (Cell Reports, 2019), «Electron microscopy analysis of ATP-independent nucleosome unfolding by FACT» (Communications Biology, 2022) и обзор «Molecular Dynamics Simulations of Nucleosomes Are Coming of Age» (WIREs Computational Molecular Science, 2024).

Более поздние работы связаны с интеграцией биоинформатики и искусственного интеллекта: «(Re)defining the human chromatome: an integrated meta-analysis of localization, function, abundance, physical properties, and domain composition of chromatin proteins» (Nucleic Acids Research, 2026), «The need to implement FAIR principles in biomolecular simulations» (Nature Methods, 2025), «AI in drug development: advances in response, combination therapy, repositioning, and molecular design» (Science China Information Sciences, 2025) и «Анализ белок-белковых взаимодействий пионерных транскрипционных факторов человека на основе предсказаний структур их комплексов» (Биофизика, 2025). В 2023 году выступил с пленарным докладом «От ДНК-белковых взаимодействий к пониманию функционирования геномов эукариот» на VII Съезде биофизиков России в Краснодаре. Университет назначал ему персональную надбавку ректора (2021–2022) и надбавку за публикацию в журнале из списка А (2025–2026). Владеет английским и немецким языками.