Новиков Федор Николаевич

Доцент базовой кафедры органической химии Института органической химии им. Н.Д. Зелинского РАН в НИУ ВШЭ, кандидат наук. В 2006 году окончил химический факультет МГУ им. М.В. Ломоносова по специальности «Химия», в 2011 году защитил кандидатскую диссертацию. В Высшей школе экономики работает с 2020 года, научно-педагогический стаж, по данным университета, — 13 лет. Профессиональные интересы — компьютерное молекулярное моделирование и предсказание биологической активности соединений. Рабочий иностранный язык — английский.

Читает на факультете химии НИУ ВШЭ дисциплину «Молекулярный дизайн биологически активных соединений» — курс общефакультетского пула, который идёт в 1 и 2 модулях и оценивается в 3 кредита при 32 контактных часах. Программа знакомит студентов с современными подходами к разработке инновационных лекарственных препаратов. Отдельное внимание уделено роли стартапов как драйвера инновационных разработок и подходам к коммерциализации результатов исследований: на примерах реальных проектов разбираются цели и задачи ключевых этапов создания лекарственного средства и типичные ошибки каждого этапа. В лекционную часть входят вопросы защиты интеллектуальной собственности и актуальные регуляторные требования. В 2021/2022 и 2022/2023 учебных годах также вёл курс «Машинный поиск информации в химии» для студентов второго курса бакалавриата направления 04.03.01 «Химия».

Научная работа сосредоточена на методах докинга, виртуального скрининга и оценки энергии связывания белок-лиганд. Широко цитируемая работа — «Lead finder: an approach to improve accuracy of protein-ligand docking, binding energy estimation, and virtual screening» (Journal of Chemical Information and Modeling, 2008), описывающая одноимённый программный комплекс. Развитие этой линии — статьи «Improving performance of docking-based virtual screening by structural filtration» и «Developing novel approaches to improve binding energy estimation and virtual screening: a PARP case study» (Journal of Molecular Modeling, 2009), «Hit clustering can improve virtual fragment screening: CDK2 and PARP1 case studies» (2011), «TSAR, a new graph-theoretical approach to computational modeling of protein side-chain flexibility» (Proteins, 2011), «Lead Finder docking and virtual screening evaluation with Astex and DUD test sets» (Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2012) и «Alchemical FEP Calculations of Ligand Conformer Focusing in Explicit Solvent» (Journal of Chemical Theory and Computation, 2013).

Значительная часть работ связана с направленным поиском лекарственных кандидатов. В European Journal of Medicinal Chemistry вышла статья «Novel curcumin derivatives as P-glycoprotein inhibitors: Molecular modeling, synthesis and sensitization of multidrug resistant cells to doxorubicin» (2020) — о преодолении множественной лекарственной устойчивости опухолевых клеток. К этому же кругу относятся «Modeling of novel CDK7 inhibitors activity by molecular dynamics and free energy perturbation methods» (2020), «Inhibition of SYK and cSrc kinases can protect bone and cartilage in preclinical models of osteoarthritis and rheumatoid arthritis» (2021), «Imidazole-4-N-acetamide Derivatives as a Novel Scaffold for Selective Targeting of Cyclin Dependent Kinases» (Cancers, 2023) и работа о ингибиторе тирозинкиназ четвёртого поколения PF-114 для терапии хронического миелолейкоза (2019).

Методологические работы последних лет посвящены повышению точности расчётных предсказаний: «Reducing false-positive rates in virtual screening via cancellation of systematic errors in the scoring function» (2022), «Quantum Mechanical-Cluster Approach to Solve the Bioisosteric Replacement Problem in Drug Design» (2023) и глава «Add-Ons To Molecular Modeling Methods: Improvement In Activity Prediction» (2024). Участвовал в международном соревновании по предсказанию связывания D3R (работа «The role of human in the loop: lessons from D3R challenge 4», 2020) и в исследовании «Molecular basis of COVID-19 pathogenesis» (2020). Публикационная активность отмечена надбавками НИУ ВШЭ за публикации в журналах из Списка А (2023–2024, 2024–2025 и 2025–2026 годы) и за публикацию в международном рецензируемом издании (2021–2022).