Будкина Анна Юрьевна

Стажёр-исследователь Международной лаборатории статистической и вычислительной геномики НИУ ВШЭ. Лаборатория входит в Институт искусственного интеллекта и цифровых наук факультета компьютерных наук. В 2022 году окончила магистратуру Московского физико-технического института по специальности «Прикладная математика и физика». По данным университета, работать в Высшей школе экономики начала в 2026 году; должностные обязанности сформулированы как выполнение работ в рамках деятельности лаборатории.

Профессиональные интересы охватывают три смежные области — биоинформатику, иммунологию и эпигенетику. Профессиональный путь начался вне академической среды: с 2013 по 2014 год стажировалась в НТЦ «Атлас», с 2014 по 2020 год работала в АО «Лаборатория Касперского» вирусным аналитиком и разработчиком-исследователем. Опыт анализа больших массивов данных затем был перенесён в биологию: в 2020–2022 годах — младший научный сотрудник и биоинформатик ФБУН ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, с июля 2023 года — младший научный сотрудник ФИЦ Биотехнологии РАН. Такое сочетание — промышленная разработка, эпидемиологический институт и академическая лаборатория геномики — определило прикладной характер исследований.

Научные работы посвящены методам обработки данных высокопроизводительного секвенирования и оценке качества получаемых результатов. В статье «Utilizing the VirIdAl Pipeline to Search for Viruses in the Metagenomic Data of Bat Samples» (Viruses, 2021) описан программный конвейер поиска вирусов в метагеномных данных образцов летучих мышей — задача, актуальная для мониторинга природных резервуаров инфекций. Работа «Hobotnica: exploring molecular signature quality» (F1000Research, 2022) посвящена оценке качества молекулярных сигнатур, то есть наборов генов, по которым различают биологические состояния: авторы предлагают способ отличить содержательную сигнатуру от случайной.

Отдельное направление — сравнение вычислительных платформ и методов в эпигенетике. В статье «Assessing the Differential Methylation Analysis Quality for Microarray and NGS Platforms» (International Journal of Molecular Sciences, 2023) сопоставлено качество анализа дифференциального метилирования ДНК для микрочипов и секвенирования нового поколения. Свежая работа «CHASERR-CHD2 dynamics in T cell quiescence and its modulation by cyclosporine» (Frontiers in Immunology, 2025) посвящена регуляции хроматин-ремоделирующего фактора CHD2 длинной некодирующей РНК CHASERR в покоящихся T-лимфоцитах и влиянию на этот механизм циклоспорина — препарата, подавляющего иммунный ответ. В 2025 году в соавторстве вышел и препринт о роли CHASERR в транскрипционной и посттранскрипционной регуляции генов.

Учебных курсов в НИУ ВШЭ не ведёт: должность стажёра-исследователя предполагает участие в научных проектах лаборатории, а не преподавание. В базе публикаций университета к профилю привязаны четыре статьи в международных журналах, ещё одна работа заявлена в личном профиле ORCID, где авторство подтверждено самой исследовательницей. Рабочий иностранный язык — английский, на нём написаны все опубликованные статьи.